Polishchuk Pavlo Ph.D., M.Sc.
O mně
I'm a chemoinformatician mainly involved in medicinal chemistry projects of development of new drugs. Author of approaches and open-source software for:
- representation of chemical compounds, their mixtures, quasi-mixtures and chemical reactions for modeling purposes;
- interpretation of QSAR models to retrieve SAR knowledge and use for drug design;
- 3D pharmacophore hashes, ligand-based and MD-based pharmacophore modeling;
- de novo structure generation;
- multi-instance learning.
Author of 5 book chapters and more than 50 journal papers.
Research interests: Medicinal and bioorganic chemistry, molecular and drug design, chemoinformatics, machine learning and data mining, programming.
Web-site: http://qsar4u.com
Journals
Doctoral mentorship
Kutlushina Alina
Development of 3D pharmacophore signatures and their application in drug design
Stav: Ongoing od 2019.
Volná místa
1 Chemoinformatics
| Projekt: | Postdoctoral fellow/Researcher |
|---|---|
| Vedoucí: | Polishchuk Pavlo Ph.D., M.Sc. |
| K dispozici: | 1 |
| Určeno pro: | Postdoktorandské studium |
| Souhrn: | Skupina chemoinformatiky a návrhu léčiv Ústavu molekulární a translační medicíny Lékařské fakulty Univerzity Palackého v Olomouci, Česká republika (https://imtm.cz/laboratories/chemoinformatics-and-drug-design), hledá postdoktorandského pracovníka se zkušenostmi v oblasti chemoinformatiky a programování. Hlavním cílem skupiny je vývoj nových výpočetních přístupů a softwarových nástrojů pro návrh léčiv a jejich uplatnění v projektech medicinální chemie zaměřených na identifikaci a optimalizaci hitů/leadů a na identifikaci cílových struktur. Úspěšný uchazeč se bude podílet především na projektu de novo návrhu a optimalizace léčiv založeného na fragmentech. Bude implementovat nové a zdokonalovat stávající nástroje a přístupy, retrospektivně je validovat a uplatňovat v probíhajících projektech medicinální chemie realizovaných na našem pracovišti v úzké spolupráci s medicinálními chemiky a biology. V závislosti na svých zkušenostech a dovednostech se uchazeč může zapojit i do dalších výzkumných projektů. Formální požadavky: Ph.D. v oboru chemie, chemoinformatiky, informatiky nebo v příbuzných oborech, případně 3 roky praxe v relevantních oborech zkušenosti s molekulárním dockingem / farmakoforovým modelováním / strojovým učením znalost RDKit dobrá znalost programování v jazyce Python a zkušenosti s vývojem softwaru dovednosti v oblasti analýzy dat základní znalosti medicinální chemie výhodou kvalitní publikační činnost výborná znalost angličtiny slovem i písmem Pozice bude otevřena na 2–3 roky s možností prodloužení. Neformální dotazy i přihlášky obsahující životopis a seznam publikací spolu s motivačním dopisem popisujícím výzkumné zájmy a dosavadní úspěchy uchazeče zasílejte e-mailem na adresu pavlo.polishchuk@upol.cz. |
1 Lékařská biologie
| Projekt: | Development of 3D pharmacophore signatures and their application in the design of anticancer drugs |
|---|---|
| Vedoucí: | Polishchuk Pavlo Ph.D., M.Sc. |
| K dispozici: | 1 |
| Určeno pro: | Doktorské studium |
| Souhrn: | 1 místo v prezenční formě studia |
2 Biostatistika, bioinformatika a chemoinformatika
| Projekt: | In silico design of compounds with desired properties |
|---|---|
| Vedoucí: | Polishchuk Pavlo Ph.D., M.Sc. |
| K dispozici: | 2 |
| Určeno pro: | Doktorské studium |
| Souhrn: | Jedním z hlavních cílů chemoinformatiky je vývoj nových látek s požadovanými vlastnostmi nebo aktivitami. Dosud bylo navrženo mnoho přístupů k návrhu de novo. Navržené látky by měly splňovat několik kritérií, např. syntetickou dostupnost, novost, diverzitu, selektivitu atd. Generátory chemických struktur splňujících tato kritéria jsou jádrem všech přístupů k návrhu de novo. Dostupné přístupy často vedou ke strukturám, které jsou synteticky obtížně dostupné, nebo omezují jejich diverzitu a novost. V rámci této studie bude implementován nový fragmentový přístup ke generování struktur, který povede k chemicky validním strukturám a umožní flexibilní kontrolu nad jejich diverzitou, novostí a syntetickou dostupností. Ten bude využit k vývoji přístupů k návrhu de novo založených na molekulovém dokování a farmakoforovém modelování s cílem generovat látky schopné vázat se do vazebného místa daného proteinu. To lze využít k vývoji nových látek a k optimalizaci struktur dostupných ligandů. Vyvinuté přístupy by měly být implementovány v softwarových nástrojích s otevřeným zdrojovým kódem. |
| Projekt: | Development of 3D pharmacophore signatures and their applications to drug design |
|---|---|
| Vedoucí: | Polishchuk Pavlo Ph.D., M.Sc. |
| K dispozici: | 1 |
| Určeno pro: | Doktorské studium |
| Souhrn: | Farmakoforové modelování je účinný přístup k zachycení možných interakcí mezi proteinem a ligandem a k vyhledávání nových slibných látek ve velkých knihovnách. Téměř veškerý dostupný software pro farmakoforové modelování je dosud proprietární a implementované přístupy mají určitá omezení pro efektivní práci s velkými daty. V rámci této studie bude implementován nový přístup k reprezentaci 3D farmakoforů ve formě hashů. Tato reprezentace umožní rychle identifikovat podobné farmakofory ve velkých souborech dat. Tuto vlastnost lze využít k vývoji nového přístupu k farmakoforovému modelování založenému na ligandech, který nevyžaduje překryv (alignment). Vyvinuté hashe 3D farmakoforů pomohou identifikovat reprezentativní farmakofory získané ze simulací molekulové dynamiky komplexů protein–ligand. Tento vývoj zvýší úspěšnost budoucích screeningových kampaní a měl by být implementován v softwaru s otevřeným zdrojovým kódem. |
4 Molecular and Translational Medicine
| Projekt: | Ligand- and structure-based modeling of biologically active compounds |
|---|---|
| Vedoucí: | Polishchuk Pavlo Ph.D., M.Sc. |
| K dispozici: | 1 |
| Určeno pro: | Doctoral training |
| Projekt: | Development of 3D pharmacophore signatures and their application in anticancer drug design |
|---|---|
| Vedoucí: | Polishchuk Pavlo Ph.D., M.Sc. |
| K dispozici: | 1 |
| Určeno pro: | Doctoral training |
| Projekt: | Modifications of biologically active molecules leading to improvement of their pharmacological properties |
|---|---|
| Vedoucí: | Urban Milan Ph.D., Ranc Václav Ph.D., Polishchuk Pavlo Ph.D., M.Sc. |
| K dispozici: | 3 |
| Určeno pro: | Doctoral training |
| Projekt: | New chemoinformatics approaches to fragment-based drug discovery |
|---|---|
| Vedoucí: | Polishchuk Pavlo Ph.D., M.Sc. |
| K dispozici: | 1 |
| Určeno pro: | Doctoral training |
4 Other specializations
| Projekt: | Fragment-based de novo design using pharmacophore models |
|---|---|
| Vedoucí: | Polishchuk Pavlo Ph.D., M.Sc. |
| K dispozici: | 1 |
| Určeno pro: | Master training |
| Projekt: | Applicability domains in machine learning modeling |
|---|---|
| Vedoucí: | Polishchuk Pavlo Ph.D., M.Sc. |
| K dispozici: | 1 |
| Určeno pro: | Master training |
| Projekt: | Computationally guided optimization of compound properties |
|---|---|
| Vedoucí: | Polishchuk Pavlo Ph.D., M.Sc. |
| K dispozici: | 1 |
| Určeno pro: | Master training |
| Projekt: | Novel 3D pharmacophore representation for machine learning |
|---|---|
| Vedoucí: | Polishchuk Pavlo Ph.D., M.Sc. |
| K dispozici: | 1 |
| Určeno pro: | Master training |